Управление школой осуществляется в соответствии с Законом Российской Федерации № 273 от 29.12.2012 «Об образовании в Российской Федерации» и Уставом Учреждения на принципах демократичности, открытости, приоритета общечеловеческих ценностей, охраны жизни и здоровья человека, свободного развития личности.
Административные обязанности распределены согласно Уставу, штатному расписанию, четко распределены функциональные обязанности согласно квалификационным характеристикам. Управленческая деятельность в условиях развития школы реализуется через эффективное воздействие на участников образовательного процесса путем научно-обоснованного планирования, организации и контроля их деятельности, позволяющее добиваться реальных и социально значимых образовательных целей.
Общее управление школой осуществляет директор в соответствии с действующим законодательством, в силу своей компетентности. Основной функцией директора является осуществление оперативного руководства деятельностью образовательной организации, управление жизнедеятельностью, координация действий всех участников образовательного процесса через Управляющий совет, Педагогический совет, Общественный Родительский комитет, Совет старшеклассников, Общее собрание трудового коллектива
В школе функционируют следующие подразделения: методический совет; кафедры; школьные методические объединения учителей-предметников и классных руководителей; социально-педагогическая служба; временные творческие группы; библиотека; психолого-медико педагогический консилиум; совет профилактики. Каждое подразделение выполняет функции, направленные на организацию учебно-воспитательного процесса согласно должностным обязанностям, локальным актам. Управленческий аппарат сформирован, распределены функциональные обязанности между членами администрации, регламентируемые приказом по образовательному учреждению. Работа методической служба направлена на совершенствование профессионального мастерства педагогов. Методическая служба учреждения представлена методическим советом, кафедрами и методическими объединениями. Методический совет обеспечивает организацию, координацию и коррекцию методической, опытно-экпериментальной и аналитической деятельности педагогического коллектива Учреждения. Педагоги учреждения объединяются в методические объединения по предметному признаку и в предметно-цикловые комиссии по мере необходимости. Кафедры работают в соответствии с выбранными направлениями и задачами. Заместители директора осуществляют оперативное управление образовательным процессом: выполняют информационную, оценочно-аналитическую, планово-прогностическую, организационно-исполнительскую, мотивационную, контрольно- регулировочную функции. Все перечисленные структуры совместными усилиями решают основные задачи образовательного учреждения и соответствуют Уставу образовательной организации.
Школа находится в режиме стабильного функционирования и последовательно переходит в режим развития. Этому способствуют использование экспериментальных и инновационных форм работы в образовательном процессе, постоянное повышение профессионализма руководителей и педагогов школы. Именно успешное управление школой обеспечивает стабильное функционирование и целенаправленное развитие и способствует переводу учреждения в качественно новое состояние.
Система управления МБОУ «СШ № 39» обеспечивает выполнение действующего законодательства в области образования и собственных уставных положений в целях создания эффективной системы управления содержанием и качеством подготовки обучающихся.